1966 gründeten Frau Dr. Annemarie Clotten und ihr Mann, Prof. Dr. Roman Clotten in Freiburg ein klinisch – chemisches Labor. Rasch erwarb sich das „Labor-Clotten“ einen ausgezeichneten Ruf und wurde zu einem großen Erfolg. Auch nach dem Tod von Prof. Dr. Roman Clotten im Jahre 1981 setzte Dr. Annemarie Clotten gemeinsam mit Prof. Dr. Gerhard Mössner die Erfolgsgeschichte fort. Als Dr. Annemarie Clotten am 1. Mai 1993 verstarb hatte das Labor 130 Mitarbeiter.

Durch die Testamentsvollstrecker Rechtsanwalt Dr. Georg F. Drischel und Steuerberater Adelbert Vogt wurde die Clotten-Stiftung aufgrund testamentarischer Verfügung von Frau Dr. Annemarie Clotten errichtet und am 25. Januar 1995 durch das Regierungspräsidium Freiburg anerkannt.

Die von Frau Dr. Clotten gehaltenen Geschäftsanteile wurden an die Stiftung übertragen. Außerdem erhielt die Stiftung aus den Mitteln des Nachlasses eine kapitalmäßige Grundausstattung. 1996 verkaufte die Stiftung das Labor an die Limbach Gruppe, wodurch das heutige Grundstockkapital in Höhe von € 4.234.000 geschaffen werden konnte. Das erste Stiftungskuratorium wurde von Frau Professor Dr. Dr. Sabine von Kleist und ihrem Stellvertreter Prof. Dr. Gerhard Mössner geleitet. Darüber hinaus gehörten dem ersten Kuratorium Prof. Dr. Josef Keul, Dr. Volker Maushardt sowie Dr. Georg F. Drischel an.